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：步兵十七万八千人，骑兵十三万四千人。
镇西军：军长徐应元，副军长候世禄、黄得功，军长驻地兰州；
下辖皇家陆军第二镇（甘肃镇）、第四镇（宁夏镇）、第六镇（固原、临洮镇，改驻西安），皇家陆军骑兵第一镇（禁军骑兵一镇），骑兵第三镇（附和浩特镇），骑兵第五镇（九原镇），骑兵第七镇（鄂尔多斯镇）等三镇步兵三万六千人，四镇骑兵四万八千人，合计八万四千人。
镇北军：军长杨国柱，副军长马世龙、何可纲，军驻地宁远，除陆军第一镇调大宁，第四镇调营州（朝阳市），其它驻地不变；
原宁远镇步兵与盖州镇整编改为四个镇，杨国柱兼第三镇总兵原总兵吴襄、调盖州镇旅长黄龙、担任其余两镇总兵，骑兵也改为两个镇，总兵分别为祖大寿、何可纲；
下辖：皇家陆军第一镇（蓟州镇）、第三镇（宁远镇杨国柱部）、第五镇（宁远镇吴襄部）、第七镇（宁远镇黄龙部）、第九镇（盖洲镇马世龙部）、第十一镇（山海镇），皇家陆军骑兵第二镇（宣大镇骑兵）、皇家骑兵第四镇（宁远镇祖大寿部）、皇家骑兵第六镇（宁元镇何可纲部）、皇家骑兵第八镇（蒙古归附通辽镇）、骑兵第十镇（蒙古归附长春镇）等五镇步兵七万两千人、五镇骑兵五万八千人，合计共十三万人。
镇东军,军长曹文诏、副军长孙祖寿、满桂，军长驻地南京，其它未变；
下辖皇家陆军第八镇(禁军第三镇)、第十镇（禁军第二镇）、第十二镇(禁军第六镇)、第十三镇（禁军第七镇）、第十四镇（禁军第八镇）及皇家骑兵第九镇（大同镇镇骑兵）等五镇步军八万人，一镇骑兵一万八人，合计共九万八千人。
皇家近卫军调整最大，那边各军全部划归皇家陆军，各镇主官调整也大，第一、三、四镇原总兵调走后，从下面各旅长提升姚忠明、孙华宝、许文畅（杜撰的）担任新的总兵。
最后整编为四镇步兵六万四千人、一镇骑兵兵四万人，合计十万四千人。
负责北京周边安全；军长梁世勋，荣誉军长朱由检，副军长周遇吉、毛文龙，军驻地北京；
下辖近卫第一镇（禁军第一镇）、近卫第二镇（禁军第四镇）、近卫第三镇（禁军第五镇），近卫第四镇（昌平、宣府镇步兵），禁军骑兵第一镇（禁军骑兵二镇），骑兵第二镇（集宁镇）。
这次更改军制三大总督区总共裁减十二万人，大大降低了军费负担。
同时三大总督区撤销，孙承宗任直隶总督辖辽东、直隶、山西等两省一边，成为第一督臣；孙传庭任江南总督，辖安徽、南直隶和浙江等三省，为第二督臣；洪承畴任陕甘总督，辖陕西和甘肃。
皇家卫队是名称改变，各卫都改编成甲等卫。
五军都督府的改革也落地，从皇家陆军、皇家近卫军、皇家卫队、东厂、锦衣卫、内宫各监及皇商抽调人员配合原有的合适组成了新的五军都督府，办公点从武英殿改到养心殿。
朱由检掌管大都督府，亲任大都督，大都督府成员有英国公张维贤、保定公梁世勋、内阁首辅李标、次辅李邦国、参谋本部督查卢象升。
下辖四部一处：参谋本部（督查卢象升）、军法本部（督查文震明）、辎重本部（督查陈治宁（王府白户））、装备本部（督查孙元化）。
秘书处，主要处理下面四个本部上报奏本，处长由王承恩担任。
朱由检终于打造了明朝版本军事委员会和总参谋部，大都督府是军事委员会，下辖四部就是总参谋部。
大都督府如同内阁需定期举行军政会议，内阁首辅、次辅及兵部需参加，其余各部视情况需要才会参加会议，到京述职的各军军长及总督均要参与会议。
随着五军都督府搬迁，内阁也将办公点从文华殿移到乾清宫左侧与奉先殿之间的德政殿，德政殿是由斋宫和周围部分建筑拆除和改建而成。
漕运总督府划归辎重本部管辖，运河沿线负责漕运的卫所兵被分成三块，熟悉水手业务的被抽调到北洋水师，一部分部分组建了内河水师负责运河漕运与长江水道安全，还有部分和山东、直隶、浙江的部分卫所兵被整编税丁调归户部管辖，剩下的老弱被送去个皇庄的集体农场安置。
各省设有五军都指挥司负责管辖本省巡防营，人数五千到两万不等，合计二十万人左右。
五军都指挥司主要职责是负责本省制安安全、剿匪、招兵及兵站等工作；各军设立专职参谋、军法、后勤等司，各镇设立参谋、军法、后勤等处。
整编完成，皇家近卫军驻地有稍微调整：近卫第一镇、第二镇驻扎北京，协助皇家卫队守卫京城，第三镇驻扎天津，第四镇驻扎宣府；骑兵一镇调山海关，骑兵二镇在集宁。
这次军制调整涉及的主要九边的边军和禁军体系，卫所体系尚未改革的还有四川、云南、贵州和广西四省，这四省还未做改制。
备注：
1、皇家陆军全部按原禁军模式整编，淘汰下来的武器装备巡防营、屯垦军、和长城沿线皇庄“自卫队”，余下部分准备出售給漠北蒙古及西域(现新疆)蒙古各部。
2、皇家陆军步兵镇中除由原禁军各镇改编的是三旅制约一万六千人，其余是两旅制约一万两千人；骑兵镇中第一、二、九镇为三旅制一万八千人外，其余各镇为两旅制约一万人。
3、此次整编主要是拆分辽东各镇的实力，各镇驻地如未说明即是未做调动。
4、四川、贵州两省的土司动乱——“奢安之乱”尚未完全平定，未做整编。