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嘉靖三十二年，新上任的浙江巡抚王忬，把王直视为“东南祸本”，派遣参将俞大猷等围剿王直集团，迫使王直集团于六月败退日本平户。那以后，王直一直都落户于平户不再回中国。
胡宗宪巡按浙江后，发现沿海倭患的复杂形势远在其预估之上，倭患问题与海禁有关，也与沿海居民的生计问题，地方豪绅的利益问题相互交织。当年的巡抚朱纨破双屿岛有功，但也因此被革职，愤而自杀，就是因海禁触犯了当地豪绅的利益所致。在此情况下，如何才能破解迷局？
针对这两方势力的不同特点，胡宗宪使用了不同对策。徐海集团是个典型的海盗集团，首领徐海身负军事才华，年轻气盛，幕僚徐渭认为，徐海不可招抚，只可剿灭。但由于徐海实力过强，无法力敌。有鉴于此，胡宗宪使用了离间计诱降了徐海，并剿灭了这一海盗集团。
对付纵横海上无人能敌的王直，胡宗宪以抚为主。经过几次接触，他深知以王直之心智，唯一的突破口，唯有通商权。
王直骨子里就是一个商人，而不是盗贼。孜孜一生，王直追求的都是争取海上的通商权。而开放海上通商权，胡宗宪又没有这个权力。
让人措手不及的是，在杭州，御史王本固罔顾胡宗宪的提醒，执意将王直下狱，并污蔑胡宗宪通倭，在此情况下胡宗宪也不敢再坚持了。
王直死前，落泪如雨，叹道，“死吾一人，恐苦两浙百姓”。事实证明，王直的这一预言是十分准确的。
王直死后，走私集团因缺乏约束“倭患”蔓延，群盗纷起，东南沿海一带形势更加扑朔迷离。
倭寇的成分构成，明代官方的记载如下：“大抵真倭十之三，从倭者十之七”。（《明史·日本传》）
“盖江南海警，倭居十三，而中国叛逆居十七也。”（《嘉靖实录》）
这是官方公布的数据，承认倭人占十分之三，中国人占十分之七，中国人占主导地位。
胡宗宪根据实际调查，编写了一本《筹海图编》，其中列出十四股势力最大的“倭寇”，其头目同样全部是中国人。也就是说，在所谓的“倭寇”内部，中国人不但在人数上占了绝对优势，也同时牢牢把握着领导权。
陈懋恒《明代倭寇考略》，该书汇集数十种史料与地方志而成，对倭寇资料的整理颇为全面。他的结论也是主要头目清一色都是中国人，次要头目中，日本人所占据的比例也不高。
史学家郑晓（1499-1566）在《四夷考·日本》中指出：“初方国珍据温台处，张士诚据宁绍杭嘉苏松通泰，诸郡皆在海上。方张既降灭，诸贼强豪者悉航海纠岛倭入寇。以故洪武中倭掠海上”。
这段记述点出了两个问题：一是“岛倭”的入寇是方、张的残党遗部下海纠集过来的，而不是他们自己过来的。二是方、张的残党遗部原来就是活动于江浙一带海上的抗元势力，他们的主子投降朱元璋后，不愿跟随投降的“诸贼强豪”就下海，在舟山一带继续称乱。因此明初的倭患主体应为方国珍、张士诚的残党遗部。
嘉靖进士唐枢（1497-1574）在《复胡梅林论处王直》书中明确指出：“彼亦不自制舟，舟造于闽广，事起于我人。”。唐枢从嘉靖倭难的关键条件，造船能力的观点出发，明确了问题根源不在日本海盗，而在中国海寇。
最早闹出争贡事件的虽是日本商人，乘坐的却是中国船：嘉靖时期，日本根本没有能力造出横渡东海的海舶，抵达中国的那两艘朝贡船也是早年永乐皇帝赠送给日本将军足利义满的礼物。
海船越洋需要依靠季风，一年间往返次数受到极大局限，再加上当时日本正处在战国时期，各地领主混战不止，在这重重阻碍下，几乎不可能发生大规模倭寇入侵事件。
另外还有一个原因，就是倭寇真实身份的认定。
在当时残暴严厉的海禁法令下，入海者一旦事发，便可能株连九族，从沿海民众的角度考虑，冒充“倭”可以保护家人。
至于那些沿海官军，遭遇动乱时，不管是不是倭，只要上报为“倭乱”，就可以把问题“政治化”，失败了容易推卸责任，赢了则奖赏更高。
而对于庙堂之上的统治者来说，将沿海民乱定义为外族入侵，将其极端仇视的海商力量与叛国者画上等号，镇压起来也更为便利与合理。
于是，一场因海禁而导致的海滨民众的抗争和叛乱，被民间、官府、朝廷几方各怀目的的共同虚构，完成了欺骗后人几百年的历史谎言。
嘉靖四十年（1561年），戚继光率戚家军等在台州九战九捷，歼入寇台州之敌。此后，戚、俞联合，基本肃清福建、浙江倭寇。
嘉靖四十四年（1565年），戚继光与俞大猷二军配合，击灭盘踞在广东、南澳的倭寇，至此，侵扰东南沿海多年的倭患，总算彻底解决了。
在朝廷强大的军事力量攻击下，东南沿海的倭患总算是彻底清除了。海面保持了相对的平静。但根本问题不解决，这种平静能保持多久？
其实答案很简单，只有解决了那些依靠海上贸易大批相关人员的生计，才是釜底抽薪的良策。
隆庆元年（1567年）明穆宗采纳福建巡抚涂泽民的建议，取消海禁，准许人民航海前往东洋、西洋贸易，从此民间私人的海外贸易获得了合法的地位，东南沿海各地的民间海外贸易进入了一个新时期。倭患骤然减少了，“倭渐不为患”。
从1567年到1644年这段时间，海外流入大明朝的白银总数大约为3亿3千万两，相当于当时全世界生产的白银总量的三分之一，这为大明帝国积累了巨大的财富。