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后，展开了大规模的禁佛运动。
桑耶寺等著名寺院都被封闭，大昭寺改为屠宰场，释迦牟尼等身像被埋藏起来，因为是文成公主把释迦牟尼佛像从内地带来并使吐蕃有了佛教，故文成公主被禁佛者说成是魔鬼的转世。
僧人被勒令改信苯教，不愿从命而又戒杀生的僧人被强迫操起弓箭，带着猎狗去山上打猎，佛教寺庙内的壁画被涂抹掉后，又在上面画僧人饮酒作乐的画。
许多佛像被拖出寺院钉上钉子扔入河中，大量佛经被烧毁或扔到水中，这次禁佛运动对佛教的打击是非常沉重的，以致西藏宗教史籍把朗达玛以后的近百年间称为“灭法期”或“黑暗时代”。
有些外表在家的白衣俗人，而实际在家修习密咒金刚乘法的人士，是当时的藏王和大臣们所不知道的，由于当时没有显现出家相，而未遭到迫害的人，还是为数不少的，一切智耶桑哲哇也说：‘那时毗奈耶教法虽是遭到摧残，但是大密咒金刚乘法这一方面，直到而今是从未衰没的。
密宗之修持者，亦只有白衣之居士，于各自家中，或清净山边，修讲生圆次第，所以能令密乘律仪传统，得以不断，其他共同佛法言之：则所有三代藏王时所翻译一切之经续，以善于保存之故，因此大部分，尚能流传至今。
后弘期朗达玛灭佛一百年之后，佛教后来由原西康地区和卫藏地区再度传入，西藏佛教又得复苏，朗达玛灭佛之前佛教在西藏的传播称为藏传佛教的“前弘期”，之后称为“后弘期”，藏传佛教后弘期根据佛教传入路线的不同，分为上路弘传和下路弘传。
上路弘传：上路弘传指从卫藏地区传入的佛教，对佛教的发展做出了贡献的著名僧人有：拉喇嘛意希沃、降秋沃、仁钦桑波（958-1055）、阿底峡（982-1054）。
仁钦桑波翻译了17部经、33部论、108部怛特罗，建寺108座。
阿底峡写作《菩提道灯论》，对藏传佛教理论的发展做出了巨大贡献，其弟子仲敦巴创立噶当派，同时他还是观音、度母信仰的推动者。
下路弘传：下路弘传指有阿里地区传入的佛教，主要人物有：索南坚赞、赛尊、洛敦·多吉旺秋、卓弥译师释迦意希。
支派的形成：这样，佛教逐渐在吐蕃复兴，并发展成独具高原民族特色的藏传佛教，而且从11世纪开始陆续形成各种支派，到15世纪初格鲁派的形成，藏传佛教的派别分支才最终定型。
主要有宁玛派、噶当派、萨迦派、噶举派等前期四大派和后期的格鲁派等，格鲁派兴起后，噶当派则并入格鲁派而不单独存在。
藏传佛教的派别差异既不像印度的小乘十八派是由于其遵行的戒律不同而分派，也有异于印度的大乘因其主张的教义不同而分派，其派别差异是因不同师承、不同修持教授、所据不同经典和对经典的不同理解等佛教内部因素和不同地域、不同施主等教外因素而形成众多派别，这是藏传佛教的又一特点”。