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院驻地为中心，而分部在整条莽古山，以及孟养城西南一带活动。
四名副院使全部驻扎在总部，分别负责管理四个“厅”：
一，神御厅，司职秘理院内的居中协调管理，集中管理文件和人事，无下辖分部，人员全部为总部成员，但是分部中会有专员驻留；
二，圣下厅，司职监督其他各院和秘理院内部事务，收集情报，管理负责同样事务的分部；
三，守观厅：司职对外的侦查与情报收集工作，管理同样事务的分部，而因为分部大多为收取对外情报，所以守观厅管理的人是最多的
四，天上厅：司职战斗相关的秘密行动与实际执行，圣下厅和守观厅只有情报收集处理的权力，但天上厅拥有根据情报进行实际行动的权力。无论是对于内部犯事者的抓捕，还是对外的特殊行动，都是由天上厅负责。
天上厅同样没有下辖的分部，人员平时分散驻扎于特定地点，又在需要时在特殊地点汇合，而神御厅负责在各个厅和分部间的信息通知工作。
这种结构的设计，避免了掌握秘密行动权的秘理院可以自主进行太多的行动，重要的行动都要经过神御厅处理，由姜榆罔知悉决定后，再交由天上厅实际行动，实际掌握最多信息的圣下厅和守观厅并没有行动权。
每个“厅”的负责人的官职称为“秘书长”，寓意为姜榆罔的助手，真正权力掌握于姜榆罔手中，每一名秘书有三位副手，称为“候补秘书长”，秘书长的继任者就从三人中选出。
而各个“厅”以下，除了没有分部的天上厅和神御厅，就是各自管辖的分部，分部的负责人称为“秘书”，每人有两位副手，即为“候补秘书”。候补秘书将会是秘书的继任人之一。
分部级以下为队级，称为“队长”，一般负责实际的事务处理，是一线事务领导。总部的队长与分部的“候补秘书”同级，分部的队长则要低一级。
队长设一名副手，称为“教导”，负责帮助队长管理事务，同样是队长的继任人之一。无论是分部的长官“秘书”，还是队的“队长”，除了副手可以称为继任者之外，还可以选择其他人来担任，人事的讨论由神御厅负责。
而厅的负责人“秘书长”，除了姜榆罔直接任命的情况之外，就只有从三名副手中选出。
队级以下，为组级，也是秘理院最基层结构，设一名组长，一名副组长。组长的任命由所属的队给出方案，神御厅决定。副组长则是由组长选任。
总部的组长相当于分部的教导。
整个秘理院中，最低级的成员称为接引，这个名称一方面强调秘理院的特殊性，另一方面也是一重代号上的伪装。
以分部组员为1级成员，分部副组长为2级，分部教导为3级，分部队长为4级，分部候补秘书为5级，分部秘书为6级，候补秘书长为7级，秘书长为8级，最终姜榆罔为唯一的9级。厅以下，总部的所有职务高分部一级。
以一人完全掌握秘理院的姜榆罔，与其他各院都多少有一些不同。神狩院因为与军队的联系，而自然参与到了莽古堡推行的军队民主之中去，各个工匠部门本身内部就要围绕技术不断展开讨论，而所有各院除了相对独立的秘理院，都要在枢机院处进行交流。
只有秘理院，姜榆罔建立了绝对的权威，在这里，他就像主人，也是因此得名为：“密军的主人”，简称就是“军主”。
姜榆罔对于这个称呼也是哭笑不得，他没有去追究到底是谁想出来了这个名字，而是默默地接受了。毕竟相对“百户”这种古老的称呼，有一个新的名字不一定是坏事。
这也一定程度上代表着他对于莽古堡势力的控制力，这里虽然领着，用着大量来自孟养城输送的物资，但是真正的权威被逐渐集中到了姜榆罔身上，而不是局限于明军的抽象领导概念。
简单地说，就是现在，无论是一直直接管理姜榆罔的指挥使，还是名义上作为姜榆罔上司的千户，都无法真正调动莽古堡的部队为己所用。
能实现这一点，离不开姜榆罔长期以来不断进行的，对莽古堡的特殊编制变革，而秘理院的建立，一部分也是为了防止手下出现和自己一样的人。
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姜榆罔最终选择了莽古堡的一处偏僻的角落作为秘理院的驻地，周围还尚未住人，姜榆罔也不打算允许这周围住满人，最多不过是安排一些内部成员住下，帮助作为伪装。
而两名精干的秘理院接引守护在院落外，他们虽然不像普通的站岗那样有气势，而是看上去有些懒散地坐在竹椅上乘凉，但是敏锐的目光表示出来了他们肩负着比普通的站岗卫士更多的守卫任务。